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Die Handlung spielt in Akihabara und handelt von einem Experiment des sehr eigenartigen, teils als verrückt beschriebenen Wissenschaftlers Rintarō Okabe. Es gelingt ihm dabei einen Mikrowellenherd so umzufunktionieren, dass er mit ihm Textnachrichten in die Vergangenheit schicken kann. Was ihm jedoch erst später bewusst wird, ist die Tatsache, dass er damit jeweils seine eigene Gegenwart beeinflusst und genau dies ihn verrückt erscheinen lässt. Jedoch ist er nicht der einzige Forscher auf dem Gebiet. Schon bald sieht er sich mit einer Organisation namens SERN konfrontiert, die sowohl ihm als auch den anderen Eingeweihten des Experiments nachstellt.